La Compagnia della Luna è stata fondata nel 1991 allo scopo di poter rappresentare un genere di teatro musicale, ideato da Vincenzo Cerami e da Nicola Piovani, che, allora più di adesso, né le compagnie private né gli enti pubblici accettavano di mettere in scena. Si trattava di cercare spazi a un'idea scenico-musicale nella quale ritmo, suono, metrica e voci sono concertati su un unico spartito drammaturgico. La ricerca poetica della Compagnia della Luna ha in realtà una storia ben più lunga. Le sue radici affondano nella decennale collaborazione tra Cerami e Piovani, i quali già sperimentarono nel 1981 uno spettacolo di musica e poesia che debuttò in Grecia al festival di Ir·klion (Candia).

Nel 1988 i due autori presentarono all'ottavo Festival Internazionale di Roccella Jonica, intitolato Rumori mediterranei, La Cantata del Fiore. Il successo di quella serata dà il via a una seconda cantata, La Cantata del Buffo, e le due opere vengono riunite in un unico spettacolo in due tempi sotto il titolo Le Cantate del Fiore e del Buffo. Il consenso del pubblico viene riconfermato e nasce così la Compagnia della Luna, che subito inizia la sua prima tournée. Contemporaneamente alla Compagnia della Luna è stata fondata l'Orchestra Aracoeli, un'orchestra di giovani solisti i quali si alternano nei vari spettacoli messi in scena dalla compagnia e che negli anni, sotto la guida del M° piovani, che li ha scelti uno ad uno, hanno appreso l'arte di eseguire un genere di musica affatto nuovo.

Gli spettacoli che si sono succeduti anno dopo anno hanno ottenuto sempre grandi consensi di critica e di pubblico. Da Le cantate del fiore e del buffo che ha fatto più di 180 repliche e che insieme a Canti di scena (spettacolo che ha fatto più di 170 repliche e che è apparso sulle ribalte romane per sei anni consecutivi) sono stati rappresentati nel 1996 al Festival Kassariani di Atene, nel 1997 al Festival di Salonicco capitale d'Europa, e nel 1997 al Festival di Atene nel Teatro Erode Attico col titolo di Canti e cantate.

Nel 1992 debutta a Bagnocavallo Il Signor Novecento. Nel 1998 al Teatro Mancinelli di Orvieto va in scena per la prima volta Romanzo musicale.

Il 5 novembre 1998 in collaborazione con il Comune di Orvieto e l'Associazione Teatro Mancinelli di Orvieto si rappresenta per la prima volta La Pietà uno stabat mater per voce recitante (Gigi Proietti), due cantanti (Rita Cammarano e Amii Stewart) e orchestra.

Nella Pasqua del 1999 La Pietà viene invitata dalla municipalità di Betlemme ad essere lì rappresentata, come messaggio di pacificazione, nella San Francis Hall davanti ad un pubblico osannante di oltre duemila spettatori. Gli autori e i tre interpreti dello spettacolo (ai quali viene conferita la cittadinanza onoraria di Betlemme) il giorno dopo vengono ricevuti dal Presidente Arafat nella sua residenza di  Gaza.

La Compagnia della luna ha messo in scena anche spettacoli di prosa di Cerami, con musiche di scena di Piovani. Nel gennaio 1995 Borderò presentato con successo al teatro della Cometa di Roma nel gennaio 1995, Protagonista Lello Arena con Nicola Di Pinto, i solisti dell'orchestra Aracoeli e Aisha Cerami.

Nel 1993 L'assassino (tratto da un racconto di Cerami che compare nella raccolta einaudiana L'ipocrita): una sorta di dialogo tra un personaggio e quattro sassofoni, rappresentato al teatro La Comunità di Roma.

Nel 1998 La Casa al mare con Massimo Wertmuller, Tosca d'Aquino e Angelo Orlando per la regia di Attilio Corsini.

Dopo i successi di pubblico e critica collezionati a Parigi e nella tournée europea, nel 2004 arriva anche in Italia Concha Bonita, spettacolo musicale di ispirazione sudamericana nella versione curata da Vincenzo Cerami e Nicola Piovani.